根据《中华人民共和国民法典》的规定，如果合资公司的一方已经收购了另一方100%的股权，并且双方之间的劳动合同仍然有效，那么劳动合同应当继续履行。这意味着在新的合资公司的股权结构中，原来的劳动合同依然适用于新的股东。 然而，在实际操作中，由于股权收购涉及到公司财产的变动和股东身份的变化，因此可能会对原有的劳动合同产生影响。例如，可能需要重新签订劳动合同或修改原劳动合同中的某些条款来反映新的股权结构。此外，还需要考虑其他相关法律规定，如税务、社会保险等，以确保所有方面的权益得到妥善处理。 总之，对于这种情况下劳动合同是否有效的具体判断，建议您咨询专业的法律顾问进行详细分析和指导。