您好！根据我国法律规定，如果双方已经分居四年，并且未再行同居，可以视为夫妻关系解除。此时，您可以考虑将两个孩子的抚养权问题提交法院判决。 关于是否需要办理结婚证的问题，这取决于您在何时何地与对方确立了婚姻关系。如果您是在中国大陆地区与对方共同生活并生育子女的，那么通常情况下，您需要提供结婚证明才能申请抚养权。 另外，在处理此类案件时，建议您寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。同时，考虑到孩子年龄较小，可能对家庭环境有更多依赖性，建议您尽量争取孩子的陪伴和照顾，以促进其健康成长。