根据《中华人民共和国农村土地承包法》的规定，农民集体所有的土地由本集体经济组织的成员承包经营，从事种植业、林业、畜牧业、渔业生产。未经依法批准，任何单位和个人不得占用耕地建房、开矿、挖砂、采石等。因此，如果村民擅自将自家农田中的农用水私自从田里取出来卖给他人使用，违反了上述法律规定，是不合法的行为。 在处理此类纠纷时，建议双方当事人通过协商解决争端，以达成和解协议。如果无法自行解决问题，可以寻求村委会或当地乡政府的帮助调解，并且向人民法院提起诉讼，要求赔偿损失或者恢复原状。同时，也需要遵守相关法律法规，避免再次发生类似情况。