您的问题涉及土地使用权和房屋建筑的相关法律规定。在浙江省绍兴市诸暨市农村地区，您拥有合法的土地使用权，并且按照规定获得了使用证。然而，您反映的政府要求整改的情况可能涉及到土地管理和城乡规划管理的问题。 首先，关于一楼的高度限制问题，根据《中华人民共和国城乡规划法》的规定，新建建筑物应当符合城市、县人民政府规定的用地性质和建筑密度、高度等控制指标。因此，如果您的房屋不符合当地城乡规划管理部门的要求，需要进行必要的改造或者重建，以满足相关的法律法规标准。 其次，关于一楼楼顶的处理问题，虽然没有直接提到“楼顶压低”，但这可能是针对您提出的一楼高度限制所提出的建议之一。这种情况下，您可以考虑是否可以通过屋顶设计来优化采光、通风和排水条件，同时确保安全和美观。 最后，如果您认为自己已经充分遵守了相关法律法规，并且认为自己的房屋建设符合当地政府的规划要求，那么可以向当地政府部门申请复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。 总之，解决此类问题的关键在于准确理解并遵守相关的法律法规，以及与当地的政府部门保持良好的沟通和协商。希望这些建议能对您有所帮助。