您的父亲在乡卫生院进行了双侧输尿管结石手术，并且植入了双J管以帮助排石和引流。三年后的体检中发现一根残留的双J管，这可能是因为术后的并发症或医疗操作中的疏忽所致。 如果您的父亲已经成功取出这根双J管，那么接下来您需要与当地的医疗机构进行协商，了解剩余的一侧肾脏是否受到影响以及是否需要进一步的治疗。如果您认为剩余的肾脏受损严重，建议尽快寻求专业的医疗意见并制定合理的治疗计划。 关于赔偿金额的问题，具体数额取决于多种因素，包括但不限于医疗费用、误工费、营养费等。您可以考虑聘请一位经验丰富的律师来帮助您评估损失并争取合理的赔偿。 总之，重要的是及时采取行动，确保患者得到适当的医疗照顾，并尽可能地保护患者的权益。同时，也建议您关注当地的相关法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。