公司出库单的存根联丢失，确实可能给公司带来一定的法律风险，因为存根联是公司内部记录和审计的重要凭证。然而，这并不意味着对方可以无理由拒绝付款。首先，公司应尽快采取措施补救，比如通过其他方式证明货物已经出库，如监控录像、运输记录、员工证言等。同时，可以与对方进行沟通，解释存根联丢失的情况，并提供其他证据证明交易的真实性。 如果对方仍然拒绝付款，公司可以采取以下措施： 1. 发送正式的催款函，明确指出公司已经履行了交货义务，并要求对方按照合同约定支付货款。 2. 如果合同中有约定争议解决方式，可以依据合同约定进行协商或提交仲裁。 3. 如果协商或仲裁无果，可以向法院提起诉讼，要求对方支付货款及可能产生的利息和违约金。 在整个过程中，公司应保留所有与对方沟通的记录，包括但不限于邮件、信函、通话记录等，这些都可以作为证据在法律程序中使用。同时，公司也应咨询专业律师，获取更具体的法律意见和指导。