首先，您提到的土地租赁合同和租金收入是两个不同的法律概念。虽然土地使用权属于合法财产，但租金收入可能涉及其他法律关系或合同条款。 其次，根据法律规定，如果土地使用性质发生变化（如从非农业转变为农业），通常情况下会涉及到相应的补偿。然而，如果该变化是由于开发商的行为引起的，并且开发商在得知土地将用于农业用途时没有采取任何措施来避免这种情况，则开发商可能需要承担相应的责任。 再次，关于租金中的“佣金”，这可能是一个商业行为的一部分，而不是一个独立的法律实体。在这种情况下，如果开发商确实从中提取了这笔款项，那么这可能会构成不当得利或其他相关法律责任。 最后，关于您的请求，即要求开发商直接退款给学员，法官的决定可能是基于这些事实和法律原则做出的。如果您认为判决不合理，可以考虑向更高法院提起上诉，或者寻求其他法律途径解决争议。请注意，以上建议仅适用于一般情况，具体案件的处理应依据当地法律法规及具体情况。