在处理交通事故中，如果单位对事故认定的职工非主要责任表示异议，应当按照以下步骤进行。 首先，查阅相关法律法规和规章制度，了解事故发生时的具体情况。例如，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，机动车发生交通事故造成人身伤亡或财产损失的，由保险公司在交强险限额内予以赔偿；不足部分，按照过错程度承担责任。 其次，与事故中的其他当事人协商解决争议。可以尝试通过调解的方式解决纠纷，以达成双方都满意的解决方案。 第三步是向当地人民法院提起诉讼。如果调解不成，可将案件提交给法院审理，要求法院依法裁决。 最后，在整个过程中，要注意收集证据，如交通警察出具的责任认定书、医疗证明等，以便为后续诉讼提供有力支持。 需要注意的是，以上建议仅供参考，具体操作还需根据实际情况和法律规定来确定。同时，建议在处理此类事件时保持冷静，理性对待，并寻求合法途径解决问题。