一、土地确权案件不仅涉及土地行政管理关系，同时涉及平等主体之间的民事关系。单纯的行政诉讼以审查被诉具体行政行为是否合法的审查制度，很难触及查清行政争议的本质，使行政审判的审查停留在行政行为的是否合法的表层的问题上，当然这对于行政审判而言是核心问题，而从“保护公民、法人和其他组织的合法权益”角度讲，这里的审查显然属于表层次的问题，这是行政诉讼审查制度与立法目的在土地确权案件中暴露出的矛盾。 二、行政相对人的诉讼请求往往得不到人民法院的审查角度、范围完整的呼应。行政相对人之诉愿在于实现其对土地的使用权，实现其民法上的物权，希望人民法院通过行政审判监督行政机关的违法行为，从而实现其根本的请求，但行政诉讼的审查角度虽然立足于相对人的民法上的权利即土地使用权而赋予其起诉的资格，但审查的靶子是行政行为是否违法。依照《行政诉讼法》第五十四条之规定，人民法院对被诉具体行政行为全面审查，只要存在五种违法情形中的任何一种即应判决撤销。相对人民法上的权利是否可以得以实现，并不是行政判决关注的焦点，其裁判的结果也往往不能满足相对人的根本的诉讼请求。 三、撤销判决对相对人的土地使用权保护只能是宣告式的，宣告被诉确权行为侵害了原告的合法权益，也不能真正使其权利的内容明朗化、确定化。因此，即使判决撤销确权文件，决定也并不能彻底解决问题。第四、审判实践中存在大量的行政机关败诉后不再作作为，拖延作为的问题，有的将矛盾推向法院，从而使当事人最高关注的土地权利悬而未决，使当事人长期陷入无尽的纷争中，审判实践中因不服土地确权引起的行政诉讼案件反复审理长达五、六年的并不罕见，审判的法律效果、社会效果均受到质疑。