根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位支付劳动者工资应当遵循的原则是按劳分配和同工同酬。工资包括基本工资、奖金、津贴等项，其数额应由国家统一规定或由双方协商确定。 对于您的情况，如果绩效基数1000属于正常工作的一部分，那么这部分收入不应被扣除。然而，如果绩效基数与基本工资的比例过高，或者绩效基数的计算方式不合理，可能会导致不公平的情况发生。在这种情况下，建议您向当地的人力资源和社会保障部门进行咨询，了解相关政策，并维护自己的合法权益。