首先，您提到的学生因举报学校并因此被学校在档案中留有污点的情况并不符合法律规定。根据《中华人民共和国教师法》和《中华人民共和国未成年人保护法》，教师应当尊重学生的合法权益，不得歧视学生。此外，《中华人民共和国义务教育法》也明确规定，任何组织和个人不得以任何形式非法剥夺或者限制学生的受教育权。 其次，关于学校擅自修改档案的问题，这同样违反了相关法律法规。根据《中华人民共和国国家秘密法》，个人或单位不得私自修改、伪造、变造、隐匿、销毁国家秘密文件、资料和其他物品。同时，根据《中华人民共和国档案法》，档案机构和档案工作人员必须按照规定保管、收集、整理、鉴定、统计和提供档案，维护档案的完整与安全，不得篡改、损毁、伪造档案记录。 综上所述，如果您认为学校的行为侵犯了您的权益，请及时寻求法律帮助，通过合法途径解决问题。