尊敬的用户，根据您提供的信息，单位要求医院出具的诊断书和相关文件进入人事档案，并用于工资发放的做法是否合理，需要结合具体情况来分析。一般情况下，用人单位有权要求员工提交相关的证明材料以支持其工作表现或资格认定。然而，在某些特殊情况下，如员工因健康原因无法正常履行职责时，可能需要通过医疗鉴定等方式确定其能否继续从事原岗位工作。 如果单位认为员工的病情严重到影响了其工作效率，且医院提供了相应的诊断书和文件，那么单位可以考虑将这些材料作为决定是否解雇员工的重要依据之一。但是，如果该疾病已经严重影响了员工的工作能力，而医院并未明确指出其不能胜任工作的具体原因，或者存在其他合理的解释，那么单位可能会面临一定的法律风险。 此外，关于入档案的问题，这通常涉及到劳动法中关于员工个人资料保管的规定。一般来说，用人单位应当确保员工个人信息的安全，不得擅自对外泄露。因此，如果单位能够证明这些文件确实出于合法目的并得到了适当的处理，则可能不会构成违法。 综上所述，建议您与单位沟通详细情况，了解医院提供的诊断书的具体用途以及对您的影响。同时，也可以寻求专业人士的意见，以便更好地保护自己的合法权益。