《中华人民共和国道路交通安全法》第六十一条规定。“当事人应当自收到交通事故认定书之日起三日内，可以向上一级公安机关交通管理部门申请复核。上一级公安机关交通管理部门收到当事人的书面复核申请后五日内，对申请进行审查，并作出是否受理的决定。” 根据上述法律规定，如果双方同意达成赔偿协议并提交给人民法院作为证据材料，则无需再经过公证程序。因为该协议已经得到了双方的确认和接受，具有一定的法律效力。 然而，为了确保协议的有效性和合法性，建议在签订协议时详细约定各方的权利义务和赔偿金额等细节，以及解决争议的方式和期限。此外，如果协议涉及重大财产损失或人身伤害，可能还需要按照相关法律法规的要求进行公证或者其他形式的证明文件。 总之，在处理此类案件中，重要的是要遵循相关的法律法规和司法解释，确保协议的合法性和有效性。同时，也要注意保护自己的合法权益，避免因不规范操作而造成不必要的纠纷。