根据我国相关法律规定，如果事故双方对医疗费用有争议，则应当按照以下原则处理。 由医疗机构出具的诊断证明书或者病历资料可以作为确定医疗费用的标准。 如果事故导致受伤者在医院内进行了治疗，且该治疗与事故发生时的情况相符，那么保险公司或法院将按照实际发生的医疗费用进行赔偿。但如果医疗费用过高，超出实际需要的部分，通常不予赔偿。 如果伤者在医院内的治疗费用中包含了一些非因事故直接产生的费用（如手术费、营养费等），则这部分费用不应当包括在赔偿范围内。 在实际操作中，如果肇事司机和保险公司就医疗费用发生争议，可以通过协商解决；如果协商不成，可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径解决。 综上所述，在这种情况下，如果事故双方能够达成一致，以书面形式明确约定医疗费用的支付方式和金额，并得到相关部门的认可，那么可以按照约定执行。否则，应当依据上述法律规定来处理。