您好，根据法律规定，拆迁协议中涉及的房屋所有权人应为被拆迁人本人或其法定继承人。如果您父亲在拆迁协议上签字，则表明他作为被拆迁人的身份。 关于新房产证上的问题，建议您与开发商沟通了解具体情况，并考虑是否需要重新签订协议以解决争议。同时，也可以考虑通过法律途径解决问题，比如申请撤销原协议或者要求确认您的权利。请记得在处理此类问题时务必保留相关证据和记录，以便日后参考和使用。