首先，学校应该对丢失的毕业证书承担责任。根据法律规定，学校应当确保其提供的教育服务符合相关标准和要求，包括保证毕业生能够顺利获得其毕业证书。如果学校未能妥善保管学生的毕业证书，导致其丢失，那么学校应对此负有一定的责任。 其次，关于补办毕业证书的问题，学生有权要求学校提供必要的帮助和协助。根据《中华人民共和国高等教育法》规定，高等学校及其教师在教学、科学研究等活动中应当尊重受教育者的人格尊严和合法权利。因此，学生有权要求学校为其办理毕业证书，或者提供其他证明其学历水平的有效文件。 最后，如果学校拒绝为学生补办毕业证书，且声称需要支付数千元作为补偿费用，这种做法违反了《中华人民共和国高等教育法》中规定的“国家保障公民接受高等教育的权利”的原则。在这种情况下，学生可以考虑向有关机构或部门投诉，以维护自己的合法权益。同时，学生也可以寻求法律援助，通过诉讼或其他途径来解决问题。