根据您提供的信息，您和您的前配偶在离婚协议中明确表示了新房由两层组成，并且约定女儿有一部分出资建造了一层。此外，你们还约定将老房子平分，即父母各得一半。 然而，在农村拆迁过程中，您儿子和儿媳可能认为女儿不属于他们的家庭成员，因此拒绝让女儿参与拆迁补偿分配。这种情况下的处理方式可能会因地区政策和个人关系而有所不同，建议您寻求专业的法律意见，以便了解当地相关政策以及如何维护自己的权益。