您所描述的情况可能涉及多个法律层面的问题。首先，关于房产证的办理，根据我国法律规定，公民在未取得房产所有权之前，其房产无法进行登记或过户。因此，在您的情况下，您需要先解决产权纠纷，即通过合法途径证明您对房屋的所有权。 其次，关于村委会出具的“农村建房使用宅基地申请书”，该文书通常被视为土地使用权的一种形式，并不直接等同于房产证书。如果您希望获得房产证书，您需要按照当地政策和程序向相关部门提交相关材料，包括但不限于购房合同、购房发票、土地使用证等。 此外，关于是否可以获取不动产登记证书的问题，虽然没有明确的规定，但一般来说，如果房产属于个人所有且不存在权利瑕疵，则可以获得不动产登记证书。因此，建议您尽快与当地的房地产管理部门联系，了解具体的手续流程和所需材料，以便顺利解决问题。同时，也可以考虑委托专业的房地产律师协助处理相关事宜。