您好！根据我国法律规定，当事人可以就婚姻关系的解除等事项，在任何一方住所地或者被告住所地人民法院提起诉讼。因此，如果双方协商一致并同意在南京市办理离婚手续，则可以在南京市法院起诉离婚。但请注意，具体适用哪一方的管辖权还需要根据您所在的具体情况来确定，建议您详细咨询相关专业人士以获取更准确的信息。