《民法典》第五十八条第二款明确规定。“因药品、消毒药剂、医疗器械的缺陷，或者输入不合格的血液造成患者损害的，患者可以向生产者或者血液提供机构请求赔偿，也可以向医疗机构请求赔偿。”因此，在医疗机构存在违法违规行为的情况下，如果患者遭受了损害，医疗机构作为医疗过错方应当对患者的损失承担赔偿责任，包括但不限于医疗费、护理费、交通费等直接损失，以及精神损害抚慰金、残疾辅助器具费等间接损失。此外，医疗机构还可能需要承担刑事责任和行政责任，具体取决于违法行为的具体性质和严重程度。