根据您提供的信息，如果双方已经签订了一份关于光伏发电系统的合同，并且该系统已经安装在屋顶上，那么按照合同条款和法律规定，除非有明确的协议或约定，否则不得擅自取消或终止合同。 如果您认为现场施工对后续使用造成影响，可以考虑与对方沟通解决具体的问题。例如，是否可以通过调整设计方案或者提供额外补偿来减轻可能的影响。同时，也可以考虑寻求第三方评估机构的意见，以确保安装后的系统符合安全和环保标准。 总之，在处理此类纠纷时，重要的是要遵守合同规定，尊重对方权益，并尽可能地寻找解决方案，以维护双方的利益和关系。如果有任何争议，建议及时向专业的法律顾问进行咨询，以便获得更具体的法律意见和建议。