根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法律法规的规定，交通客运企业在请求公安交警部门协助调查交通违法行为时，应当按照以下步骤进行。 收集证据。首先，交通客运企业需要提供有关交通违法行为的具体信息，包括时间、地点、车辆类型和车牌号等关键要素。 填写申请表。根据相关规定，交通客运企业应向公安交警部门提交一份详细的申请表格。该表格通常会要求详细描述交通违法行为的情况，并且可能还需要附上相关文件或照片作为证明材料。 说明情况。在申请过程中，交通客运企业应当明确告知公安交警部门，他们希望协助调查特定的交通违法行为，并提供相关的理由和背景信息。 协商解决。如果交通客运企业与公安交警部门就具体的交通违法行为存在分歧，双方可以进行沟通协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。 遵守规定。在整个过程中的所有操作都必须严格按照法律规定的程序和要求进行，不得有任何违反法律规定的行为。 跟踪进展。一旦申请得到批准，交通客运企业应密切关注案件的处理进度，以便及时了解案件的发展状况并采取必要的行动。 保持联系。在整个过程中，交通客运企业应当保持与公安交警部门的良好沟通，确保案件能够顺利推进。 请注意，上述建议是基于一般情况下适用的标准指南，具体情况可能会因地区差异而有所不同。因此，在实际操作中，交通客运企业应该根据当地的法律法规和实际情况来制定具体的操作方案。