根据您的描述，您在合伙经营期间持有股份并担任主要负责人之一，在项目结束时，与合伙人商讨股份分配事宜未能达成一致意见。后来，公司C被设立为新的实体，并且股东结构发生变化，其中一部分股东来自B公司和原A公司之外的新公司D。 在这种情况下，您可以考虑以下几种可能的解决方案。 寻求法律帮助。考虑到股份纠纷的复杂性，建议寻求专业的法律意见。可以聘请法律顾问或律师事务所协助解决该问题。 通过法院途径解决。如果上述方式都无法解决问题，可以通过诉讼程序来解决争议。具体而言，您可以在起诉书中明确说明自己作为股份持有人的身份以及与原合伙人之间的股权分配问题。 谈判和调解。在必要的情况下，尝试进行谈判和调解，以寻找双方都能接受的解决方案。这可能需要您与原合伙人以及其他相关方进行沟通和协调。 暂停合作。如果您认为继续合作存在潜在风险，可以暂时暂停合作，直到能够找到一个满意的解决方案为止。 请记住，在处理此类纠纷时，保持冷静和客观非常重要。希望以上信息对您有所帮助。