根据我国婚姻法的规定，夫妻双方因感情不和而分居6年，并且在此期间没有采取任何措施恢复夫妻关系的，视为夫妻双方已经协议离婚。在这种情况下，如果孩子正在哺乳期，则可以考虑通过协商的方式解决家庭纠纷，以保护孩子的权益。 不过，具体的处理方式需要结合实际情况进行判断。例如，在分居期间，夫妻双方是否曾经尝试过重新开始交往并试图恢复夫妻关系；孩子是否真的需要由一方抚养等。因此，建议您与对方沟通，共同探讨解决问题的方法，以便达成一个对各方都公平合理的解决方案。