您好！关于您所描述的情况，需要具体分析。首先，如果您的公司是在不知情的情况下租用了违建的厂房，并且已经投入了大量的资金用于改造和使用，那么可能需要考虑如何处理这些损失。 根据《民法典》等相关法律法规的规定，对于因违法建筑而产生的租赁合同，通常情况下是无效的，因此该合同将被视为无效或部分无效。这意味着，即使承租方（即您）已经投入大量资金进行改造和使用，这部分投资也可能无法得到补偿。 此外，由于您已经投入了资金并进行了必要的改造，可能需要与开发商或其他有权要求赔偿的人协商解决办法，以寻求合理的补偿。在谈判过程中，您可以考虑聘请专业的法律顾问来帮助您更好地了解自己的权益和权利。 总之，如果您遇到此类情况，建议及时联系专业人士进行详细咨询和指导，以便更好地保护自己的合法权益。