快递公司在运输过程中丢失了您的发票，根据《中华人民共和国邮政法》和《快递暂行条例》的相关规定，快递公司应当承担相应的赔偿责任。通常情况下，赔偿金额应根据实际损失来确定。如果发票金额为6000多元，而快递公司只赔偿200元，这显然不符合法律规定的赔偿原则。 首先，您可以尝试与快递公司进一步协商，明确提出您的损失金额，并要求按照实际损失进行赔偿。如果协商无果，您可以向消费者协会投诉，请求其介入调解。同时，您也可以根据《合同法》的相关规定，向人民法院提起诉讼，要求快递公司按照实际损失进行赔偿。 在诉讼过程中，您需要提供相关证据，如快递单据、发票的复印件或电子版、以及与快递公司的沟通记录等，以证明您的损失和快递公司的违约行为。如果快递公司无法证明其已经尽到了合理的保管和运输义务，那么法院可能会判决快递公司按照您的实际损失进行赔偿。