如果您的宅基地使用权证书上的名字和存根中的户主姓名被涂改了，您应该首先确认涂改的性质。如果是由于书写错误或者误填等原因导致的涂改，您可以向当地国土资源管理部门提出申请，要求重新出具证明文件。 如果您认为涂改是故意为之，并且涂改者没有权利更改，那么您可能需要考虑提起诉讼以维护自己的合法权益。在起诉时，您应当提供充分的证据证明涂改的事实，并请求法院判决涂改行为无效。 无论采取哪种方式，都需要谨慎处理，确保自己能够收集到足够的证据支持自己的主张，并尽可能地保护自己的权益不受侵害。同时，在任何诉讼过程中，您也需要注意遵守相关的法律规定，避免因不当的行为而给自己带来不必要的麻烦。