关于您所提及的问题，涉及的是一起可能构成共同犯罪的案件。根据《中华人民共和国刑法》的规定，如果被告人在公司中具有职务上的便利，并利用职务之便实施了犯罪行为，那么他有可能被追究刑事责任。 在司法实践中，对于这种类型的案件，首先应当进行刑事立案侦查，以确定被告人是否涉嫌犯罪以及犯罪的具体情况。接下来，检察院会根据收集到的证据材料和法律规定，决定是否对被告人提起公诉。通常情况下，如果被告人被指控的行为确实构成了犯罪，并且其在公司中有一定的领导地位或者职务，那么检察院可能会选择对总公司和分公司分别提起公诉。 但是，在具体操作过程中，这需要综合考虑多种因素，包括案件的具体性质、证据的充分性、社会影响等，因此具体的处理方式可能会有所不同。如果您有更详细的问题或疑问，建议向专业的律师寻求帮助，以便获得更加准确和详细的解答。