在婚姻期间发现配偶有出轨行为，并且通过协议离婚方式解除婚姻关系时，如果两年后对方仍然继续与他人保持不正当的性关系，此时可以考虑提起诉讼。根据我国法律规定，夫妻双方有权请求法院判决离婚，因此即使经过了协议离婚，也可以在一定期限内向人民法院提出离婚诉讼。 然而，在具体操作中，需要确保有足够的证据证明配偶确实存在出轨行为，并且这种行为对您的生活造成了实际的影响。此外，还需要注意诉讼时效的问题，即在规定的离婚条件满足的情况下，您必须在一定的期限内提起诉讼，否则可能无法得到法院的支持。 总之，如果您认为自己的权益受到了侵犯，建议及时采取行动，以维护自身合法权益。同时，也要考虑到诉讼过程中可能会遇到的各种复杂情况和挑战，做好充分的准备和应对措施。