在大多数情况下，员工签署保密协议是合法的。这些协议通常是为了保护公司的商业秘密和知识产权不受泄露。然而，具体是否需要公安机关进行核查，取决于具体情况。 一些国家和地区可能有法律规定，如果涉及国家安全或公共利益，则必须由特定机关（如国家安全局）进行审查。但在一般情况下，企业可以自行决定是否对员工进行保密协议，并不需要公安机关参与审查过程。 如果您有关于个人隐私或合同法的具体疑问，请提供更多信息，以便我可以给出更准确的答案。