是的，政府擅自取消建档立卡户的行为可能违反了相关法律法规。《中华人民共和国农村扶贫开发条例》规定，各级人民政府应当按照国家规定的标准和程序对贫困人口进行识别、登记，并实行动态管理。如果政府在未征得农户同意的情况下取消建档立卡，可能会侵犯到农户的权利。 此外，根据《中华人民共和国行政强制法》，行政机关不得随意改变或者撤销已经生效的行政决定，除非有法律规定的情形。因此，政府应该提供给农户明确的通知和解释，以确保其权利得到尊重。 总之，政府在处理此类情况时应严格遵守相关法律法规，保障农户的合法权益不受侵害。