在税务管理中，确实存在因税务局未及时或错误处理导致纳税人面临额外负担的情况。如果您的公司在收到税务机关的通知后发现没有按照规定的时间和方式缴纳应缴的企业所得税，您有权利提出异议并要求重新审核。 根据《中华人民共和国税收征收管理法》的规定，纳税人在规定的期限内应当向税务机关报送纳税申报表，并按期缴纳应纳的税款。如果税务机关未能按规定时间完成对企业的纳税审查工作，或者未能提供合理的理由，那么税务机关可能需要承担相应的法律责任。 因此，在遇到类似情况时，您可以联系相关的税务部门进行沟通，了解具体的情况和原因，并寻求解决办法。如果您认为税务机关的决定不合理，可以依法申请行政复议或者提起诉讼来维护自己的合法权益。同时，也可以考虑聘请专业的税务顾问帮助分析问题，以确保自己的权益得到保护。