根据我国《民法典》的规定，合作投资的双方应当按照约定的投资比例和期限进行投资。如果一方违反了投资协议中的相关条款，另一方有权要求其补足投资，并可能追究违约责任。 在这个案例中，如果对方未能在三个月内补足投资，那么他可能已经自动放弃了他的投资份额。因此，在这种情况下，另一方有权拒绝接收剩余的资金，并且可以要求对方支付相应的赔偿金或者承担其他法律责任。 然而，具体的处理方式需要依据具体的情况来决定，包括但不限于投资金额的大小、双方的合作关系以及是否存在其他协议等。因此，在处理此类纠纷时，建议寻求专业的法律意见，以便更好地维护自己的合法权益。