农合卡是农村户口的居民在当地卫生局办理的医疗卡，一般出当地看病，都需要开转诊单，报销也是在当地卫生局报销。社保卡是城镇居民在当地医保局办理的医疗卡，一般分为居民医保和职工医保，居民医保是自己到所在区社保缴费，职工医保是所在单位代缴费，在本地医院住院报销，只要是医保定点医院，都可以在医院直接报销。一般情况报销比例从大到小是职工医保，居民医保，农村合作医疗。具体报销政策每个省市都不同，需咨询当地卫生局或医保局。