您好！根据您的描述，您爷爷和对方签订了一份协议，约定房屋使用范围内的土地面积为12平方米，并且这个12平方米的土地面积中的一部分（即12平方米）归甲方所有。如果您爷爷和对方之间存在合法有效的协议，那么在拆迁过程中，这部分土地面积将作为补偿的一部分。 不过，请注意，即使存在这样的协议，也不一定意味着该部分土地面积的所有权已经转移给甲方。因为协议可能涉及到的是所有权的问题，而所有权通常需要通过法定程序进行确认。因此，在涉及拆迁等重大事项时，建议您与相关方协商并寻求专业的法律意见，以确保权益得到有效保护。