根据法律规定，债务人和债权人应当遵循诚实信用原则，按照约定全面履行自己的义务。在本案例中，借款人（债务人）与贷款机构（债权人）已经就借款事宜达成一致，并且签署了明确的合同条款。合同中明确规定了所有的费用将在还款时从借款本金中扣除。 然而，在放款过程中，贷款机构却以“保证金”为由要求额外扣取资金，这显然超出了合同规定的范围。这种行为违反了诚信原则，也违反了合同法的规定。因此，建议借款人立即联系贷款机构，了解扣款的具体原因，并要求退还多收的资金。如果协商未果，可以考虑向当地人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。同时，为了避免类似情况再次发生，建议双方在签署任何合同时详细阅读并理解合同中的每一项条款，确保双方权利和义务得到充分保障。