根据《中华人民共和国行政许可法》的规定，行政机关实施行政许可不得收取任何费用。如果工商部门在进行年审过程中向企业收取了50元的费用，这违反了法律规定，应当要求退还该费用，并给予相应的赔偿。 此外，工商部门的行为也存在一定的违法行为，因为按照规定，年审收费应由申请人自行承担，而不是强制性地要求企业支付。因此，工商部门应该立即停止这种不合规的行为，并对相关责任人进行处理。同时，建议工商部门加强内部管理，确保其行为符合法律法规的要求，保障企业和公众的合法权益。