您的情况确实比较特殊，需要具体情况具体分析。首先，您已经生下了两个孩子，并且在孩子的成长过程中主要由您照料和抚养。在这种情况下，您有权要求将孩子纳入家庭户口簿并享有相应的权利。 然而，根据法律规定，只有具有合法婚姻关系的夫妻才能共同拥有子女的户籍。因此，在没有合法婚姻关系的情况下，您无法单独申请孩子的户籍。此外，由于您与孩子的父亲之间的关系存在问题，您可能面临一些法律上的挑战，例如孩子是否应该归您所有等问题。 在这种情况下，建议您寻求专业的法律帮助，以确保您的权益得到充分保护。您可以考虑聘请一位有经验的律师，以便更好地理解相关法律条款，并为您的案件提供最佳解决方案。同时，也可以尝试通过调解或仲裁等方式解决争议，以避免进一步的纠纷。