国有划拨土地上的房屋转让合同是否有效需要根据具体情况来判断。首先，需要确认该房屋是否已经取得了合法的土地使用权。如果该房屋是通过合法途径取得的土地使用权，并且在转让时也符合相关法律规定，则可以认定该转让合同有效。 其次，对于已经支付了契税但尚未进行土地使用权变更登记的情况，如果该土地使用权已经被依法收回或被政府征收，那么该转让合同可能因不符合法定程序而无效。此外，如果没有得到有权部门的批准，如未经过有关部门审批就擅自改变土地用途，也可能导致转让合同无效。 最后，对于已经进行了土地使用权变更登记但尚未办理出让手续的情况，若该土地使用权已被依法收回或被政府征收，且未经有权部门同意，该转让合同可能会因为违反土地管理规定而无效。因此，在处理此类案件时，应综合考虑各种因素，以确保法律适用的合理性。