《中华人民共和国民法典》规定，借款利息不得预先在本金中扣除。借款的利息不得高于银行同期贷款利率的四倍。借款人到期不归还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。 因此，在本案例中，如果百仟公司在借款时未将利息预先扣除，并且双方对还款期限和利息计算方式有明确约定，则该借款协议是有效的。但若百仟公司违反了上述法律规定，即提前从本金中扣除利息，或者没有与借款人就还款期限和利息计算方式进行明确约定，那么该借款协议可能因违法而无效或部分无效。 如果您有关于具体案件的问题，建议您向专业的法律顾问进行咨询，以便得到更准确的解答。