首先，根据法律规定，夫妻双方可以协议离婚。如果你们已经分居三年且没有其他纠纷，那么法院会考虑是否准许离婚。 对于孩子的抚养权问题，通常情况下，法院会优先考虑孩子的生活习惯、健康状况以及与父母的关系等因素来决定。在你的情况下，由于你们有共同的子女，并且年龄较小，法院可能会倾向于判决一人抚养一个孩子，另一方支付抚养费。 请注意，以上信息仅供参考，具体情况可能因地区差异而有所不同。建议您尽快咨询专业的律师或调解员，以获得更准确的法律意见和指导。