根据您提供的信息，您的叔叔在三年前答应为您起房子，并且支付了费用。但是，在您完成了房屋的基础建设之后，他却拒绝签署转让公证书并要求您支付剩余的款项。如果按照银行的利息计算，三年的利息应该是相当可观的。因此，您可以考虑向他索要剩余的款项作为补偿，或者通过法律途径解决这一纠纷。 关于是否应该收取剩余的款项，这取决于您和您的叔叔之间的合同条款以及当地的法律规定。一般来说，如果您已经履行了合同义务并且没有违反任何协议，那么您可以要求对方遵守合同约定。 此外，您还可以考虑聘请一名专业的律师来帮助您处理此事，以便更好地了解您的权利和义务，并确保您的权益得到保护。