你好！根据你的描述，你与一家公司签订了二级建造师的挂靠合同，并且在该合同中明确约定只挂证书不挂章。然而，在去年年底，该公司又要求你在挂证的同时挂上公司的公章。这种情况违反了双方签订的合同条款，因此你应该立即终止这种合作关系，并要求对方退还你支付的挂靠费用。你可以向当地的人力资源和社会保障局或相关部门举报这一情况，以维护自己的权益。同时，如果你对处理结果不满意，也可以考虑通过法律途径解决。希望我的建议对你有所帮助。