非法占用农用地罪的立案应遵循以下步骤。 公安机关接到群众举报或发现涉嫌非法占用农用地的行为。 对举报人提供的线索进行调查核实，必要时可以进行现场勘查。 根据初步调查结果，认为存在非法占用农用地行为，并符合立案条件的，应当依法立案侦查。 侦查过程中，公安机关应当收集相关证据材料，并对案件进行审查。如果发现证据不足或者不符合立案条件的，应当作出不予立案决定。 如果在调查过程中，发现涉嫌犯罪的，应当将案件移送至检察机关审查起诉。 检察院收到移送的案件后，应当依法审查，决定是否提起公诉。如果认为需要追究刑事责任的，应当向人民法院提起公诉。 法院审理阶段，根据法律规定，综合考虑证据和事实情况，做出判决。如果认定被告人构成非法占用农用地罪，应当判处相应的刑罚。