您好！根据《中华人民共和国民法典》的规定，不动产登记簿记载的权利人认为不动产登记薄登记错误的，可以申请更正登记。因此，如果公司的不动产权证书和抵押证明存在问题，员工有权要求更正登记。同时，如果员工在工作中发现公司存在欠债的情况，应当向有关部门举报或寻求法律帮助，以便及时维护自己的合法权益。希望我的回答能够帮到您！