在处理交通事故中发生工伤的情况时，如果双方协商解决并且同意不再追究对方的责任，则可能会影响到工伤的一次性伤残补助金和一次性医疗补助金的赔偿。这主要是因为这些补偿金通常是由政府或相关机构根据工伤的程度来确定支付金额，并且与工伤事故的性质和程度有关。 在协商解决的情况下，可能会涉及到一些调解协议或者仲裁程序，其中可能会有关于一次性伤残补助金和一次性医疗补助金的具体条款。这些条款通常会明确规定，如果没有进一步的争议，那么工伤待遇将会按照协商的结果执行。 因此，在这种情况下，如果您已经同意不再追究对方的责任，并且双方能够达成一致的解决方案，那么您将无法再要求获得上述补偿金。但是，具体的法律规定可能会有所不同，建议咨询专业的法律顾问以获取更准确的信息。