根据您提供的信息，关于您的案件情况，我可以提供以下建议。 确认投资权益。首先，需要确认三位合伙人是否已经按照协议规定享有相应的股权份额。如果他们确实有权参与公司的决策和收益分配，那么在发生争议时可以作为关键证据。 明确公司性质。根据合同条款，如果乙方私自将公司注册为自然人独资，这可能违反了合伙人的利益和协议中的相关规定。在这种情况下，可能存在违约责任的问题，以及可能的法律责任。 协商解决方式。虽然合同中提到“不得擅自撤资”，但考虑到实际情况，如果乙方坚持不愿意继续合作，而甲和丙也愿意退出并配合退还部分资金，可以通过协商达成一致。如果双方无法自行解决问题，可以考虑寻求第三方调解或者法律途径解决纠纷。 保护自身权益。为了避免未来可能出现的进一步麻烦，建议尽快采取行动，比如向相关机构提交申请，确保自己的合法权益得到保障。同时，也可以考虑聘请专业的法律顾问协助处理此事。 保留所有证据。在整个过程中，应保留所有的沟通记录、会议纪要等文件，以便在必要时进行证明和辩护。 谨慎行事。在任何涉及商业活动的情况下，都应保持高度的谨慎和警惕，避免因疏忽大意导致不必要的损失。 最后，我建议您及时与专业人士进行咨询，以获取更具体、个性化的法律意见。希望这些建议能帮助到您！