在处理单位自建经济适用房的纠纷时，可以考虑以下几种方法来维护自身的合法权益。 谈判协商。首先尝试与单位进行沟通和谈判，了解其建设经济适用房的具体原因和成本情况。如果双方能够达成共识，可以通过协商解决纠纷。 申请调解。若协商未果，可以向当地住房和城乡建设部门或人民调解委员会申请调解。通过第三方介入，可能有助于解决问题。 向人民法院提起诉讼。如果上述方式都无法解决问题，或者双方争议较大，可以向人民法院提起诉讼。法院会根据具体情况对案件进行审理，并作出判决。 寻求法律援助。如果经济条件允许，也可以寻求法律专业人士的帮助，通过诉讼途径维护自己的合法权益。 总之，在处理此类纠纷时，建议先从内部沟通开始，必要时再考虑其他解决方式。同时，要注意保留相关证据，以备不时之需。