你好，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，行政单位与公务员签订的协议属于民事合同性质。如果该协议涉及双方的权利义务关系，并且符合其他相关法律规定，则可以由人民法院受理并进行相应的诉讼程序。 然而，在实践中，此类案件通常会涉及到国家机关内部的管理活动，因此在审理过程中可能会受到一定的限制和约束。此外，由于涉及的是行政机关内部的关系，可能会影响案件的公正性和判决结果。 因此，在处理这类案件时，应当谨慎对待，确保审判过程中的公正性，同时也要考虑到保护当事人合法权益的原则。建议在遇到此类情况时，寻求专业的法律意见，以确保案件能够得到公正合理的处理。