您好！如果两人尚未离婚，但男方已经跑了多年，那么结婚证书的有效性取决于具体情况。通常情况下，结婚证书在婚姻关系存续期间是有效的，并且即使一方失踪也不影响其效力。 然而，在某些特殊情况下，例如对方死亡或者夫妻双方协议解除婚姻等情形下，结婚证书可能会被视为无效。因此，建议您详细咨询专业的法律顾问，以获取最准确的法律意见和指导。 此外，如果您有其他关于婚姻或家庭法的问题，请随时与我联系，我会尽力为您提供帮助。